مکتب فلسفی صدرالمتألهین همچون شخصیت و زندگی خود او، مجموعه‌ درهم تنیده و به وحدت رسیده‌ چند عنصر گرانبهاست. در فلسفه‌ او از فاخرترین عناصر معرفت یعنی عقل منطقی، و شهود عرفانی و وحی قرآنی، در کنار هم بهره گرفته شده و در ترکیب شخصیت او تحقیق و تأمل برهانی و ذوق و مکاشفه‌ی عرفانی، و تعبد و تدین و زهد و انس با کتاب و سنت، همه با هم دخیل گشته و در عمر علمی پنجاه‌ ساله‌ او رحله‌های تحصیلی به مراکز علمی روزگار، با مهاجرت به کهک قم برای عزلت و انزوا و با هفت نوبت پیاده احرامی حج شدن، همراه شده است. [پیام رهبر معظم انقلاب به کنگره بزرگداشت ملاصدرا؛ ۱۳۷۸/۰۳/۰۱]

دانش‌آموخته فلسفه اسلامی گفت: اندیشه صدرالمتألهین یا ملاصدرا تنها در رشته‌هایی که به نوعی به فلسفه مرتبط می‌شوند، وجود دارد اما متأسفانه اندیشه‌های این حکیم انسان‌ساز در دانشگاه‌ها و محیط علمی کشور غریب مانده است؛ شاید به این دلیل است که تفکر در جامعه ما جایگاه واقعی خود را ندارد.

منوچهر صدوقی‌سها با انتقاد از جدایی علم به معنای ساینس از فلسفه در دنیای جدید بیان کرد: در دنیای جدید افلاطون، عیسی مسیح و علیِ مرتضی(ع) ندارید. نتیجه‌اش این می‌شود که یک فیزیک‌دان یک دکمه را می‌زند و عالم را منفجر می‌کند. اگر بالاسر فیزیک، فلسفه الهی بود، این جنایات اتفاق می‌افتاد؟